Le 
conseil d’administration de FNE Pays de la Loire se compose en 2024 de 16 administrateurs élus en assemblée générale. Ils représentent les fédérations départementales et les associations régionales adhérentes à FNE Pays de la Loire. Le Bureau de FNE Pays de la Loire est composé des administrateurs suivants:
Président : Jean-Christophe GAVALLET
Vice-président : Yves LE QUELLEC
Secrétaire : Isabelle DREYFUS
Trésorier : Jean-Marc LALLOZ
Blanche IMPERIALI
Christine ERCEAU
L’équipe salariée se compose de 5 salarié(e)s :
- Xavier MÉTAY, directeur
- Benjamin HOGOMMAT, responsable « Juridique »
- Noémie MOREL, chargée de mission « Eau et Littoral »
- Valérian POYAU, Chargé de mission « Énergie »
- Aurélie NICOLLE, assistante de gestion administrative